Sekretariát DPO SR je odborné a výkonné pracovisko DPO SR s nevyhnutným počtom odborných zamestnancov, ktorý zriaďuje Prezídium DPO SR. Sekretariát DPO SR riadi vedúci sekretariátu, ktorého na návrh generálneho sekretára menuje prezídium. Vo vzťahu k zamestnancom v pracovnom pomere je sekretariát DPO SR metodickým a kontrolným centrom. Na všetkých zamestnancov, ktorí sú v zamestnaneckom pomere s DPO SR sa vzťahujú všeobecné záväzné pracovno-právne (Zákonník práce) a vnútorné predpisy.

Sekretariát vykonáva odborné, ekonomické, hospodársko-technické, prevádzkové, kontrolné a právne činnosti súvisiace so zabezpečením úloh DPO SR.